Omics, modélisation prédictive et soutien à la santé de précision
Ce que nous faisons
Nous accompagnons les équipes de recherche translationnelle, les groupes de biotechnologie et pharmaceutiques, les cliniciens, les chercheurs universitaires, les chercheurs principaux, les postdoctorants et les entreprises de technologies médicales en leur fournissant une expertise en bioinformatique et en analyse omique ainsi qu'en transfert de connaissances à chaque étape d'un projet, notamment :
- Soutien translationnel et de précision en santé
- Données omiques et pipelines personnalisés
- Modélisation prédictive et analyses avancées
- Conception de l'étude, contrôle qualité et reproductibilité
1. Soutien translationnel et de précision en santé
Nous aidons les équipes de recherche translationnelle et les cliniciens à transformer les données omiques, cliniques et numériques en résultats clairs et exploitables pour faciliter la prise de décision.
Projets typiques
- Découverte de biomarqueurs et de signatures génétiques à des fins de diagnostic ou de pronostic
- panels de pharmacogénomique et d'interactions gène-médicament
- Cohortes avec données cliniques, omiques et microbiomiques
- Intégration des données des dispositifs portables ou des applications avec les marqueurs de laboratoire et omiques
Résultats pratiques
- Panels de biomarqueurs et de signatures génétiques validés
- Outils de stratification du risque (scores et seuils), y compris les scores de risque polygénique
- Rapports axés sur la pharmacogénomique et recommandations des panels
- Modèles microbiome-hôte pour le risque de réponse ou de poussée.
- Tableaux de bord simples et vues de synthèse pour les parties prenantes non bioinformaticiennes
- Documentation adaptée aux équipes réglementaires, éthiques ou cliniques
2. Données omiques et pipelines personnalisés
Nous concevons et exécutons des pipelines d'analyse adaptés à votre plan d'étude, à votre organisme et à vos questions. À partir des données FASTQ brutes jusqu'aux ensembles de données propres et prêts pour l'analyse, nous prenons en charge l'alignement, la quantification, le contrôle qualité et la documentation.
Projets typiques
- Transcriptomique : séquençage d’ARN en masse et à l’échelle de la cellule unique, données de séries temporelles, transcriptomique spatiale
- Épigénomique : CUT&Tag / CUT&RUN, ChIP-seq
- Métagénomique / microbiome : profilage taxonomique, profilage fonctionnel
- Intégration multi-omique : combinaison des données de génomique, de transcriptomique, d’épigénétique et de phénotype
- WGS / WES : pipelines d’identification et d’annotation des variants
Résultats pratiques
- Conception d'expression différentielle et de contraste
- Clustering, UMAP et autres plongements
- Trajectoire / pseudotemps et vitesse de l'ARN (lorsque pris en charge)
- Communication intercellulaire (analyses ligand-récepteur)
- Analyse spatiale (quartiers, DE spatiale, déconvolution)
- Identification et annotation des pics, découverte de motifs, réseaux de régulation
- Intégration multi-omique (par exemple ARN ATAC variants)
3. Modélisation prédictive et analyse avancée
Nous allons au-delà des simples listes de gènes pour fournir des modèles prédictifs qui répondent à des questions biologiques/cliniques concrètes.
Ce que nous proposons
- Prédiction de la réponse aux médicaments (multi-omique unicellulaire lorsque disponible)
- Modèles de réponse et de toxicité de l'immunothérapie
- Modèles multi-omiques de risque, de progression et de stratification
- Modélisation prédictive microbiome-hôte
- Modèles de score de risque polygénique (PRS)
Nous vous aidons à choisir les méthodes appropriées et à interpréter les résultats dans le contexte de votre système.